Virusul hepatitei C-genotipare

Informaţii generale şi recomandări – hepatita C

Virusul hepatitei C (VHC) constituie un agent patogen cu prevalență globală și o cauză principală de morbiditate și mortalitate. Conform celor mai recente estimări, seroprevalența VHC a crescut în ultimii 15 ani la 2.8%, echivalentă cu > 185 milioane de infecții în întreaga lume. Infecția VHC persistentă este asociată cu dezvoltarea cirozei hepatice, a carcinomului hepatocelular și a insuficienței hepatice cu o rată înaltă de deces.

Asemenea altor virusuri ARN, VHC prezintă la nivel nucleotidic o diversitate genetică considerabilă ceea ce constituie o provocare majoră atât pentru dezvoltarea  vaccinurilor anti-VHC cât și a terapiilor pangenotipice.

Pe baza analizei filogenetice a secvenţei genomice tulpinile VHC sunt clasificate în momentul de față în 7 genotipuri distincte (VHC 1-7) ce diferă unul de celălalt la nivelul secvenţelor nucleotidice în proporţie de 30-35% și în peste 50 de subtipuri între care se înregistrează o diferenţă de 15-25%. În plus, la persoanele infectate, VHC circulă şi se comportă ca un amestec de populaţii virale distincte denumite cvasispecii^1;2.

Genomul VHC este alcătuit din domenii care diferă mult în ceea ce priveşte rata mutaţiilor şi variabilitatea secvenţelor nucleotidice. Astfel, regiunea netranslatată de la capătul 5’ al genomului (5’UTR) reprezintă domeniul cel mai bine conservat, cu rata evolutivă cea mai lentă. Urmează apoi gena C (core) care codifică miezul nucleocapsidic proteic şi care evoluează de trei ori mai rapid în comparaţie cu regiunea 5’UTR. Genele care codifică proteinele de înveliş E1 şi E2 constituie regiunea hipervariabilă, care diferă de la un izolat la altul. Aceasta permite virusului să evite mecanismele imunologice ale gazdelor îndreptate împotriva proteinelor accesibile din învelişul viral³.

Distribuția geografică globală actuală a genotipurilor VHC este complexă. Este larg recunoscut faptul că subtipurile 1a, 1b, 2a şi 3a ce aparțin “grupului epidemic” au o distribuţie globală şi sunt responsabile pentru majoritatea infecţiilor din întreaga lume. Răspândirea globală rapidă a acestor subtipuri a rezultat din transmiterea lor eficientă prin produse de sânge infectate şi administrarea de droguri intravenoase. Subtipurile 1b şi 2a sunt asociate predominant cu transmiterea prin produse de sânge iar prevalenţa lor relativă a scăzut în ultimii ani ca urmare a îmbunătăţirii screening-ului donatorilor.

Subtipurile 1a şi 3a se întâlnesc în principal la dependenţii de droguri iar prevalenţa acestora este în creştere. Alte subtipuri VHC sunt considerate “endemice”; acestea sunt mai rare și au circulat o perioadă de timp îndelungată în arii geografice restrânse. Astfel, subtipuri endemice ale genotipului 1 sunt descrise în Africa de Vest iar ale genotipului 3 în sudul Asiei. Genotipul 4 este predominant în Africa Centrală și Orientul Mijlociu iar genotipurile 5 și 6 sunt limitate la Africa de Sud și respectiv sud-estul Asiei^1;2;3. Până în prezent, a fost raportată o singură infecție cu genotipul VHC 7 în Canada la o persoană provenind din Africa Centrală¹.

Conform unor date recente de prevalență globală VHC, genotipul 1 este cel mai prevalent (46.2% din toate cazurile de infecție VHC), fiind urmat de genotipul 3 (30.1%); genotipurile 2, 4 și 6 sunt responsabile de 22.8% din cazuri iar genotipul 5 de < 1% din cazurile de infecție VHC. În timp ce genotipurile 1 și 3 predomină în majoritatea țărilor indiferent de situația lor economică, genotipurile 4 și 5 sunt prevalente în țările cu nivel economic scăzut¹.

În ţara noastră predomină genotipul 1b şi un amestec de genotipuri 1a şi 1b⁴. Un studiu efectuat la Institutul Matei Balş în Bucureşti pe 670 pacienţi a indicat o prevalenţă de 99.7% a  genotipului 1 VHC⁵.

Ținta terapiei antivirale este vindecarea infecției VHC. Răspunsul virusologic susținut (RVS)  este definit printr-un ARN VHC nedetectabil la 12 și 24 săptămâni de la încheierea tratamentului. Infecția VHC este vindecată în peste 99% din cazurile în care s-a obținut RVS. La pacienții fără ciroză RVS este asociat în general cu rezoluția bolii hepatice, în timp ce la cei cu ciroză, deși fibroza hepatică poate regresa și se reduce riscul de a dezvolta insuficiență hepatică și hipertensiune portală, nu este eliminat complet riscul de carcinom hepato-celular.

Până în 2011 tratamentul s-a bazat pe combinarea interferonului α pegylat cu ribavirina, rata de răspuns fiind diferită în funcție de genotipul VHC. Cu această abordare terapeutică s-a obținut pentru genotipul 1 VHC o rată de RVS de aproximativ 40% în America de Nord și de 50% în Europa de Vest. Rate mai mari de RVS (până la 80%) au fost obținute pentru genotipurile 2, 3,  5 și 6, în timp ce pentru genotipul 4 s-au obținut rate de RVS intermediare⁶.

Introducerea medicamentelor cu acțiune antivirală directă a îmbunătățit dramatic rata de succes a tratamentului în comparație cu regimul terapeutic clasic. Prima generație de antivirale directe a inclus inhibitorii de proteaze NS3/4A – telaprevir și boceprevir – care administrați împreună cu tratamentul clasic – interferonul α pegylat cu ribavirina (“tripla terapie”) la pacienții cu genotipul 1 VHC a condus la rate de RVS de 60-75%.

Cu toate acestea, datorită riscului mare de reacții adverse și a costului ridicat acest protocol nu mai este recomandat în prezent. În 2014, 3 noi medicamente au primit aprobare pentru a fi utilizate în UE: sofosbuvir (analog nucleotidic pangenotipic, inhibitor al ARN polimerazei ARN-dependente VHC), simeprevir (inhibitor de proteaze NS3/4A pentru genotipurile 1 și 4) și daclatasvir (inhibitor NS5A pangenotipic).

Fiecare din aceste 3 antivirale poate fi folosit ca un component al triplelor terapii cu interferon α pegylat cu ribavirină, obținându-se rate de RVS de 60-100% în funcție de preparatul utilizat, genotipul VHC, prezența unor substituții de aminoacizi preexistente care conferă rezistență la antiviralul cu acțiune directă  folosit și severitatea afecțiunii hepatice.

Odată cu aprobarea acestor 3 noi medicamente au început să fie utilizate în Europa, pe parcursul anului 2014, combinații de antivirale fără interferon, inițial la pacienții cu boală hepatică în stadiu avansat (scor METAVIR F3, F4). Combinația de sofosbuvir și ribavirină este indicată la pacienții infectați cu genotipurile VHC 2 (12 săptămâni) și 3 (24 săptămâni) cu rate de RVS de 80-95%. Administrarea combinată de sofosbuvir și simeprevir, cu sau fără ribavirină s-a bazat pe studiul de fază II  COSMOS care a raportat o rată de RVS de 93-100% pentru genotipul 1.

De asemenea, administrarea combinată de sofosbuvir și daclatasvir, cu sau fără ribavirină, la pacienții cu boală hepatică în stadiu avansat și genotip 1 s-a bazat pe rezultatele unui studiu de fază II în care s-au înregistrat de rate de RVS de 95-100%^2;6;7.

La începutul anului 2015 Comisia Europeană a autorizat punerea pe piață a unui nou medicament – Viekirax+Exviera, iar tratamentul a fost aprobat pentru administrare cu sau fără ribavirină pentru pacienții cu infecție cronică VHC genotipul 1, inclusiv pentru cei cu ciroză hepatică compensată, pacienți coinfectați cu HIV-1, pacienți aflați în tratament substitutiv al dependenței de opiacee și pacienți care primesc transplant hepatic.

În plus, medicamentul a fost aprobat în combinație cu ribavirina pentru pacienții cu hepatită C cronică genotip 4.   Viekirax constă din combinația în doză fixă de paritaprevir 150 mg (inhibitorul de protează NS3/4A) şi ritonavir 100 mg (inhibitor de CYP3A4 ce crește concentrația plasmatică de paritaprevir) în asociere cu ombitasvir 25 mg (inhibitor NS5A), administrată o dată pe zi, iar Exviera constă din dasabuvir 250 mg (inhibitor non-nucleozidic al ARN polimerazei ARN dependente) administrat de două ori pe zi, cu sau fără ribavirină.

Această combinație de antivirale fără interferon țintește sinergic replicarea VHC la 3 nivele distincte. Conform rezultatelor din 6 trialuri de fază III și 2 studii de fază II RVS global la 12 săptămâni pentru pacienții infectați cu genotipul 1 a fost de peste 96%^6;7.

În concluzie, se recomandă ca genotiparea HCV să fie efectuată în toate infecţiile cu virus C înaintea începerii oricărui tratament, în vederea selectării protocolului adecvat⁶.

Testul efectuat în laboratorul nostru foloseşte tehnica RT-PCR (transcrierea inversă a ARN-ului țintă cu generarea de ADN complementar ce va fi amplificat prin reacția PCR, cu detecția în timp real a ampliconului) și sonde oligonucleotidice marcate fluorescent specifice fiecărui genotip pentru identificarea genotipurilor HCV de la 1 la 6 şi a subtipurilor a şi b ale genotipului 1⁸.

Specimen recoltat – sânge venos⁸.

Recipient de recoltare – vacutainer ce conține EDTA ca anticoagulant⁸.

Prelucrare necesara după recoltare – se separă  plasma prin centrifugare⁸.

Volum de probă – minim 1 mL plasmă⁸.

Stabilitate probă – probele de plasmă sunt stabile 1 lună  la -20°C⁸.

Metodă – Real-time PCR pe platforma automată m2000 (Abbott); testul utilizează ca ținte ale amplificării o secvență din regiunea 5’UTR a genomului viral pentru detectarea genotipurilor 1-6 și regiunea NS5B pentru identificarea separată a subtipurilor 1a și 1b; sunt folosite 4 seturi de primeri fiind necesare 3 tipuri de reacții separate:

• reacția A: detectează toate izolatele VHC, izolatele cu subtipul 1a și izolatele cu genotipul 3;
• reacția B: detectează izolatele cu genotipul 2, subtipul 1b și genotipul 1;
• reacția C: detectează izolatele cu genotipurile 4, 5 și 6.

În  momentul preparării fiecărei probei de pacient se introduce o secvență ARN fără legătură cu genomul VHC ce va servi drept control intern pentru toate etapele procesului. Sunt utilizate de asemenea și probe de control (pozitiv și negativ) la fiecare rulare a probelor.

Acuratețea testului a fost demonstrată prin analiza a 162 de izolate VHC având genotipul 1 (110 cu genotipul 1a și 58 cu genotipul 1b), 41 izolate VHC genotipul 2, 27 izolate VHC genotipul 3, 28 izolate VHC genotipul 4, 14 izolate VHC genotipul 5 și 12 izolate VHC genotipul 6. Pentru stabilirea genotipului de referință din fiecare probă analizată a fost utilizată tehnica de secvențiere a acizilor nucleici. Concordanța dintre cele 2 metode (genotipare prin PCR și secvențiere) a fost de 97.59% pentru toate genotipurile identificate, de 97.27% pentru subtipul 1a și de 91.38% pentru subtipul 1b⁸.

Limite şi interferenţe

Efectuarea genotipării HCV nu este recomandată pentru screening-ul sau confirmarea infecţiei HCV. Testul este posibil numai în cazul existenţei unei viremii C > 500 UI/mL.

Sonda oligonucleotidică corespunzătoare regiunii 5’UTR a genomului VHC de genotip 1 nu reacționează încrucișat cu probele ce conțin VHC subtipul 6a dar poate prezenta reactivitate încrucișată cu subtipul 6b și cu unele subtipuri non6a/6b ale genotipului 6.

În anumite cazuri se pot obţine rezultate neinterpretabile datorită heterogenităţii secvenţelor genomului HCV, infecţiior mixte sau existenţei (rare) de tulpini VHC recombinate^8.

Bibliografie

1. Messina JP, Humphreys I, Flaxman A, Brown A, Cooke GS, Pybus OG, Barnes E. Global distribution and prevalence of hepatitis C virus genotypes. Hepatology. 2015 Jan;61(1):77-87.
2. Cuypers L, Li G, Libin P, Piampongsant S, Vandamme AM, Theys K. Genetic Diversity and Selective Pressure in Hepatitis C Virus Genotypes 1-6: Significance for Direct-Acting Antiviral Treatment and Drug Resistance. Viruses. 2015 Sep 6;7(9):5018-39.
3. Stumpf MP, Phybus OG. Genetic diversity and models of viral evolution for the hepatitis C virus. FEMS Microbiol Lett. 2002 Sep 10;214(2):143-52.
4. Ileana Constantinescu, Institutul Clinic Fundeni. Genotiparea virusurilor hepatitice în România. Simpozion iunie 2008, Tg. Mureş: Rolul tehnicilor de biologie moleculară în elucidarea mecanismelor infecţiei cu virusul  hepatitic de tip C, precum şi în descoperirea de noi markeri pentru fibroză şi carcinomul hepatocelular asociate cu această infecţie.
5. Neaga Emil. Prevalenţa genotipului 1 HCV în România. Simpozion iunie 2008, Tg. Mureş: Rolul tehnicilor de biologie moleculară în elucidarea mecanismelor infecţiei cu virusul hepatitic de tip C, precum şi în descoperirea de noi markeri pentru fibroză şi carcinomul hepatocelular asociate cu acastă infecţie.
6. European Association for Study of Liver. EASL Recommendations on Treatment of Hepatitis C 2015. J Hepatol. 2015 Jul;63(1):199-236.
7. Lam BP, Jeffers T, Younoszai Z, Fazel Y, Younossi ZM. The changing landscape of hepatitis C virus therapy: focus on interferon-free treatment. Therap Adv Gastroenterol. 2015;8(5):298-312.
8. Laborator Synevo. Referințele specifice tehnologiei de lucru utilizate 2015. Ref Type: Catalog.