Testarea SARS-CoV-2 și necesitatea laboratorului de biosiguranță

2019-nCoV (devenit ulterior SARS-CoV-2) este un virus ce face parte din grupul coronavirusurilor, un grup extins de virusuri care infectează atât animalele cât și oamenii. Aceasta tulpină a fost identificată pentru prima oară în decembrie 2019 într-un focar de pneumonie din China (orașul Wuhan, provincia Hubei) și nu fusese identificată anterior la om. Face parte din familia Coronaviridae, din aceeaşi familie fiind şi virusurile care determină Sindromul Respirator Acut Sever (SARS) – identificat în China în 2003 și Sindromul Respirator din Orientul Mijlociu (MERS) – identificat în Arabia Saudită în 2012, iar caracteristicile epidemiologice sunt similare acestora.

Testarea SARS-COV-2 și diagnosticul COVID-19

Focarele de infecții cu coronavirusuri noi în rândul oamenilor sunt întotdeauna de importanță pentru sănătatea publică și generează îngrijorare, mai ales atunci când există multe necunoscute în ceea ce privește modalitatea de transmitere, severitatea infecțiilor determinate de virus și tratamentul lor.

În timp ce majoritatea persoanelor cu COVID-19 au o boală necomplicată sau ușoară (81%), altele vor dezvolta forme severe care necesită oxigenoterapie (14%) și aproximativ 5% vor necesita tratament într-o unitate de terapie intensivă. Cei mai mulți bolnavi în stare critică vor necesita ventilație mecanică. Cel mai frecvent diagnostic la pacienții cu infecții severe cu COVID-19 este pneumonie severă.

Diagnosticul de laborator al infecției cu COVID-19 poate urma două căi:

– detecția anticorpilor specifici IgM si IgG – care reprezintă răspunsul imun al organismului la virus (testul serologic anticorpi IgG disponibil în laboratoarele Synevo – Virusul SARS-COV-2 – anticorpi IgG).

– evidențierea virusului (Testul COVID-19 prin metoda RT-PCR disponibil în laboratoarele Synevo – ARN viral SARS-COV-2).

Momentul prezentării pacientului la medic va determina metoda cea mai eficientă de diagnostic. Diagnosticarea timpurie a pacienților suspecți permite inițierea în timp util a măsurilor adecvate.

Ce este metoda PCR și de ce este recomandată diagnosticarea prin metoda RT-PCR?

În prezent, tehnologia PCR este folosită într-o varietate foarte mare de domenii: științe medicale, științele mediului, criminalistică, biotehnologie, industria alimentară, etc.

Analiza PCR permite identificarea agenților patogeni prin identificarea materialului lor genetic (ADN sau ARN) din probele obținute de la persoanele supuse investigației.

În prezent, tehnologia PCR este folosită într-o varietate foarte mare de domenii: științe medicale, științele mediului, criminalistică, biotehnologie, industria alimentară, etc.

Analiza PCR permite identificarea agenților patogeni prin identificarea materialului lor genetic (ADN sau ARN) din probele obținute de la persoanele supuse investigației.

Reacția de polimerizare în lanț – PCR (“polimerase chain reaction”) are la bază o tehnologie in vitro care imită capacitatea naturală de replicare a ADN și care constă în generarea rapidă a unor copii multiple a unei secvențe țintă (ADN sau ARN) dintr-un patogen specific; produsul amplificat PCR, fiind apoi detectat. Numărul de copii ale secvenței țintă crește exponențial cu fiecare ciclu de amplificare. Această metodă permite detectarea cu specificitate foarte mare a unor concentrații foarte scăzute ale materialului genetic de analizat.

Tehnica RT-PCR (reverse-transcriptase PCR) a fost dezvoltată pentru amplificarea țintelor ARN.

Ce presupune identificarea virusului SARS-CoV-2?

Pe data de 2 martie 2020 Organizația Mondială a Sănătății (OMS) a elaborat și publicat protocolul de diagnostic al infecției cu virusul SARS-CoV-2.

Conform acestui ghid se recomandă prelevarea de probe provenind din tractul respirator superior (exsudat nazal sau faringian), preferabil împreună cu sânge și alte probe din tractul respirator inferior (spută sau lavaj bronhoalveolar – în cazul formelor grave de boală). Din aceste probe se face identificarea virală prin metoda RT-PCR (reacție de polimerizare în lanț). Proba se consideră pozitivă dacă se detectează două fragmente genetice specifice coronavirusurilor, dintre care unul specific SARS-CoV-2.

Identificarea genotipului SARS-CoV-2 s-a realizat în timp record, la doar o lună de la primele cazuri de pneumonie din Wuhan, China.

Laboratoarele care efectuează teste pentru COVID-19 trebuie să respecte strict practicile de biosecuritate recomandate pentru acest tip de risc biologic.

Ce înseamnă un laborator de biosiguranță?

Organizația Mondială a Sănătății (OMS) a recunoscut, încă din 1993, când a publicat prima ediție a “Manualului de biosiguranță în laborator” că siguranța și, în particular, siguranța biologică reprezintă probleme importante pe plan internațional.

Acest manual a încurajat statele membre să accepte și să implementeze noțiunile de bază privind siguranța biologică și să elaboreze coduri naționale de practică pentru manipularea în condiții de securitate a microorganismelor patogene în laboratoarele aflate pe teritoriile lor.

Ghidul elaborat de OMS se referă la pericolul infecțios rezultat din manipularea diverselor microorganisme luând în considerare clasificarea microorganismelor infecțioase pe grupuri de risc.

Aceasta clasificare a grupurilor de risc este valabilă doar pentru activitatea de laborator.

1. Grup de risc 1 (risc infecțios individual sau comunitar scăzut sau absent)
   • Microorganisme cu probabilitate minimă de a provoca îmbolnavire la om sau animal.
2. Grup de risc 2 (risc individual moderat, risc comunitar scăzut)
   • Agenți patogeni care pot provoca îmbolnăvire la om sau animal, dar este puțin probabil sa reprezinte un pericol sever pentru personalul de laborator, comunitate, faună sau mediu.
   • Expunerile în laborator pot cauza infecții severe, dar pentru care există tratament eficace și măsuri profilactice, iar riscul de răspândire al infecției este limitat.
3. Grup de risc 3 (risc individual ridicat, risc comunitar scăzut)
   • Agenți patogeni care în mod obișnuit provoacă îmbolnăvire severă la om sau animal, dar, de regulă, nu se raspândesc de la un individ infectat la altul. Există tratament eficace și măsuri profilactice.
4. Grup de risc 4 (risc individual și comunitar ridicat)
   • Agenți patogeni care provoacă, de regulă, îmbolnăvire severă la om sau animal și care se pot transmite spontan de la un individ la altul, direct sau indirect. Nu există, în general, tratament eficace și măsuri profilactice.

Din punctul de vedere al biosiguranței, laboratoarele se clasifică astfel:

• de bază – Nivel de biosiguranță 1
• de bază – Nivel de biosiguranță 2
• securizat – Nivel de biosiguranță 3
• înalt securizat – Nivel de biosiguranță 4

Această clasificare are la bază un complex de caracteristici care se referă la:

• proiectarea și construcția laboratorului
• nivelul de securizare
• dotarea cu echipamente
• practicile și procedurile operaționale pe care le implică manipularea microorganismelor din diferite grupuri de risc.

Cea de-a III-a ediție a Manualului OMS privind biosiguranța în laborator constituie un material de referință și un ghid pentru națiunile conștiente de necesitatea securizării materialului microbiologic și asigurarea disponibilității pentru realizarea studiilor clinice, a cercetării medicale și epidemiologice.

Ce sunt testele rapide și care este relavanța lor în diagnosticul infecției COVID-19?

Testele imunocromatografice sunt teste simple, rapide care nu necesită echipament specializat pentru efectuarea lor.

Testele rapide disponibile în acest moment pentru diagnosticul infecției cu COVID-19 depistează anticorpii de tip IgM sau IgG. Imunoglobulinele (anticorpii) sunt molecule ​​specifice sintetizate ca răspuns la infecțiile virale sau bacteriene.

Diagnosticul infecției cu virusul SARS-CoV-2 se va baza pe manifestări clinice – febră, oboseală, tusea uscată, date epidemiologice și teste paraclinice (de detectare a virusului sau anticorpilor), care vor fi selectate diferit în funcție de stadiul și evoluția bolii.

Surse:

1. https://raportuldegarda.ro/articol/diagnostic-covid19-testare-sars-cov-2-pcr-cobas/
2. https://www.who.int/publications-detail/laboratory-testing-for-2019-novel-coronavirus-in-suspected-human-cases-20200117
3. https://www.bio.unibuc.ro/pdf/micro/documente_de_studiat/Cap3-3_Tehnologia_PCR.pdf
4. https://ansp.md/wp-content/uploads/2016/02/Ghid-national-de-biosiguranta-pentru-laboratoare_2011.pdf
5. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/about/testing.html
6. https://www.biopanda.co.uk/images/covid19-chart.gif